明南京宮殿最終定位于南京城東側鐘山西趾之陽（今中山門內御道街一帶），坐北向南，前朝后寢，后妃六宮以次序列。南京宮殿的規制形成，大致經歷了三個階段：
第一個階段：至正二十六年（1366年）--吳元年（1367年），解決了選址問題并奠定了明代宮殿基本模式，形成三朝二宮制度，“正殿曰奉天殿，前為奉天門，殿之后曰華蓋殿，華蓋殿之后曰謹身殿，皆翼以廊廡。奉天殿之左右各建樓，左曰文樓，右曰武樓。謹身殿之后為宮，前曰乾清宮，后曰坤寧宮，六宮以次序列。周以皇城，城之門南曰午門，東曰東華，西曰西華，北曰玄武”。當時僅建一重宮墻，這里所說的皇城實為宮城（洪武六年于宮城外修建的皇城，當時稱為“內城”）。此為南京宮殿創建初期，朱元璋“敦崇儉樸，猶恐習于奢華”，所以宮殿建筑較為簡樸，摒去了雕琢奇麗的裝飾。宮城的規模也較小，正殿之前僅有奉天門及午門二重門闕。
第二個階段：洪武八年（1375年）九月--十年（1377年）十月。洪武八年四月朱元璋停止中都宮殿建設后不到半年就開始了大規模改作南京宮殿的工程。這次改造，首先加強了門的建設，午門翼以兩觀，形成闕門，中有三門，東西為左右掖門，奉天門左右建東西角門，奉天殿左曰中左門，右曰中右門，奉天門外兩廡之間也有門，左曰左順門，右曰右順門，左順門之外為東華門，右順門之外為西華門。同時增建一些殿宇，如東華門內建文華殿，為東宮視事之所，西華門內建武英殿，為齋戒時居住之地等。
第三個階段：洪武二十五年（1392年），再次擴建大內，增加宮前建筑。改建金水橋，又建端門、承天門、長安東西二門，向南直抵洪武六年建成的洪武門，遂成完整的明南京宮殿布局。
南京宮城至今遺有東、北、西三面城濠，南面城濠僅剩東西兩側一段。現存城濠所包含的面積，東西寬850米，南北深807米，如果除去城濠與城墻之間的隙地，則推算出宮城面積約為790米*750米。
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